Waar na de laatste ijstijd (ca. 10.000 v.Chr.) water weiden en valleien in overvloed overstroomde, verhinderde het water de afbraak van plantaardig materiaal, waardoor vennen ontstonden. Als deze lagen van onverteerd organisch materiaal uit het door grondwater overstroomde gebied groeiden, ontstonden hoogvenen bij voldoende neerslag. Zo ontstond het grootste aaneengesloten hoogveengebied van Midden-Europa, het Bourtanger Moor. Het Bargerveen Natura 2000-gebied maakte oorspronkelijk deel uit van het centrale Bourtanger Moor. Oorspronkelijk besloeg het Bourtanger Moor een gebied van ca. 1200 km², waarvan 1/3 aan de Nederlandse kant en 2/3 aan de Duitse kant.
Vanaf de 17e eeuw gingen de Nederlanders, te beginnen in Groningen, intensieve landbouw bedrijven met de zogenaamde "Fehnkultur". In het hoogveen werden afwateringssloten gegraven die het water naar bevaarbare ontvangende wateren leidde. Het gewonnen zwarte veen (sterk vergaan veen) werd per schip afgevoerd als brandstofturf, terwijl het losse witte veen (licht vergaan veen) op het terrein achterbleef. Op de terugreis vanuit de steden namen de schepen slib uit de rivieren mee, dat werd vermengd met het witte veen in het veen. Op deze manier werd het veen omgezet in landbouwgrond en dienovereenkomstig gebruikt.
De turfwinning in het Bargerveen begon aan het eind van de 19e eeuw. Al in de jaren 1960 werd besloten om het hoogveen na het einde van de winning nieuw leven in te blazen. Om het water in het gebied te houden, werden hiervoor dammen gebouwd en sloten gesloten.
Het beschermde gebied is opgedeeld in drie deelgebieden met verschillende kenmerken:
- Meerstalblok biedt gevarieerde landschappen van watergebieden, heide en hoogveen
Amsterdamsche Veld is bijna volledig ontwaterd. Hier zijn gerenatureerde heide- en veenlandschappen te zien
- Schoonebeker Veld is een agrarisch gebied. Er werd geen turf gewonnen, maar graan werd direct op het veen verbouwd of als weiland gebruikt
Heden ten dage is het Bargerveen het laatste toevluchtsoord voor de langbladige zonnedauw en diverse veenmossoorten in Nederland.
Er zijn tientallen fiets- en wandelroutes in en rond het Bargerveen; er zijn routes uitgezet, verschillende parkeerplaatsen met informatieborden die als startpunt dienen, uitkijkheuvels, vogelparasols, een vogelkijkhut en een vogelkijktoren.
In totaal zijn er zo'n 150 broedvogelsoorten geteld in het Bargerveen, een indrukwekkend aantal dat de status van het gebied als vogelparadijs bevestigt. Het Bargerveen heeft ook veel te bieden op het gebied van trek- en overwinterende vogels. Voor sommige trek- en overwinteraars is het gebied erg belangrijk als rust- en slaapplaats. De beste voorbeelden zijn de toendrarietgans en de kleine zwaan. Overdag foerageren ze op rapen, aardappelen en andere gewasresten op de omliggende landbouwgrond. s Avonds trekken ze naar de waterrijke gebieden van het Bargerveen om daar massaal de nacht door te brengen. Soms overnachten hier tienduizenden toendraganzen. De tijdelijke piek werd bereikt in november 2017, toen er ruim 60.000 ganzen uitvlogen.
Vanaf de vogelobservatietoren heb je een prachtig uitzicht over het Bargerveen.